L'assemblée des délégué-e-s
Le pouvoir législatif du SER est assumé par l'assemblée des délégué-e-s formée par des représentants des huit associations et section SER, proportionellement à leur nombre de membres.
L'AD ordinaire se réunit une fois par année, depuis 2019, au printemps dans le canton du/de la président-e de l'AD. Chacun des cantons propose tour à tour un ou une collègue comme deuxième vice-président-e. L'année suivante, il/elle devient premier-e vice-président-e, et la troisième année, il/elle préside l'AD.
Le comité du SER (CoSER)
Le pouvoir exécutif quant à lui est dévolu à la conférence des présidents d'associations cantonales (ou de leurs représentants), appelée comité du SER ou CoSER. Présidée par le jurassien Samuel Rohrbach, cette instance tient une dizaine de réunions par année et pilote le SER, ses commissions et ses groupes de travail, ses manifestations et ses actions. Il assume également au titre d'éditeur, la parution de la revue Educateur.
Le secrétariat général
Dirigé par Jean-Marc Haller, vaudois, est secondé avec brio par la secrétaire Véronique Jacquier Darbellay, le secrétariat général, sis à Martigny, est le coeur organisationnel du SER et de l'Educateur.
La rédaction de l'Educateur
Sous la houlette de la Jurassienne Nicole Rohrbach, rédactrice en chef, l'Educateur est le fruit du travail d'un comité de rédaction et d'une équipe de rédacteurs cantonaux responsables des pages syndicales. D'autres collaborateurs assument les rubriques de la partie magazine.